HACCP-Frage der Woche 35/2019
Taxonomische Klassifikation von Mikroorganismen: Gibt es ein Online-Tool?
Ein Genome Server wurde von Wissenschaftlern der DSMZ entwickelte, der als bioinformatische Plattform für die genombasierte taxonomische Klassifikation von Bakterien und Archaeen dient.
Basis des Servers ist eine wöchentlich aktualisierte Datenbank, die umfassende Informationen zur Taxonomie sowie Nomenklatur mit bereits fast 9.000 mikrobiellen Typstammgenom-Sequenzen und praktisch allen Typstamm-16S-Sequenzen verknüpft. Der Type (Strain) Genome Server ermittelt in einem Hochdurchsatzverfahren automatisch die zu einer bis mehreren nutzerdefinierten Genomsequenzen am nächsten verwandten Typstamm-Genomsequenzen und berechnet daraus unter anderem einen echten genombasierten Stammbaum, eine Einteilung in Arten und Unterarten mittels digitaler DNA: DNA-Hybridisierung und sämtliche Unterschiede im genomischen G+C-Gehalt.
Als Ergebnis erhält der Nutzer einen speziellen Weblink auf eine interaktive Website des TYGS-Servers, die alle relevanten Informationen in Form von Tabellen, publikationsreifen und modifizierbaren Abbildungen, Referenzen zur taxonomischen Literatur sowie fertige Methoden- und Ergebnistexte beinhaltet.
QUELLE:
► Diese Frage inklusive ihrer Antwort stammt aus Meier-Kolthoff JP, Göker M.; TYGS is an automated high-throughput platform for state-of-the-art genome-based taxonomy; Nat Commun.; 2019;10: 2182.
Dr. Jörg Häseler
Weitere Informationen finden Sie in folgenden Werken:
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